Molekularny nadzór epidemiologiczny nad COVID-19

0

Opole, 24.06.2021 r.

Informacja prasowa Głównego Inspektoratu Sanitarnego oraz Opolskiego Państwowego Wojewódzkiego Inspektora Sanitarnego na temat molekularnego nadzoru epidemiologicznego nad COV1D-19

W ramach molekularnego nadzoru epidemiologicznego nad COVID-19 ECDC zobligowało Państwa członkowskie UE do przekazywania danych o genotypie (wariancie) SARS-CoV-2 stwierdzonego w próbce od pacjentów w potwierdzonym zakażeniu COVID-19. W związku z tym WSSE w Opolu we współpracy z laboratoriami ze szpitali, które wykonują badania RP-PCR w kierunku wykrycia zakażenia koronawirusem, gromadzi próbki od pacjentów z potwierdzonym zakażeniem (próbki te muszą spełniać odpowiednie kryteria laboratoryjne). Następnie próbki są wysyłane do NlZP-PZH w Warszawie (koordynatora projektu) celem izolacji i poddania pełnemu sekwencjonowaniu genom wirusa SARS-CoV-2. Dane molekularne są przekazywane do Europejskiego Sytemu Nadzoru Epidemiologicznego (TESSy). Działania te mają na celu monitorowanie rozprzestrzeniania się nowych wariantów alertowych wirusa. W chwili obecnej do wariantów alertowych zaliczamy:

  • wariant gamma (brazylijski),
  • wariant beta (południowoafrykański),
  • wariant delta (indyjski).

Obecnie w kraju dominuje wariant alfa (brytyjski). Wariant ten był związany z eksplozywnym rozwojem epidemii w wielu krajach, włączając w to Polskę (tzw. trzecia fala). Obecnie jest on wariantem większościowym w całym kraju. Poniżej przebieg w czasie wypierania szczepu pierwotnego.

Wykres stosowy procentowego udziału wariantów SARS CoV-2

Źródło: https://dev.sarswpolsce.pi/vis/piechart_map

Ograniczanie szerzenia się wariantów alertowych SARS-CoV-2

Sekwencjonowanie pomaga w monitorowaniu sytuacji epidemiologicznej oraz w dużym stopniu tłumaczy dotychczasowe wzrosty zapadalności, ułatwia przewidywanie dalszego przebiegu epidemii (wypieranie szczepu dzikiego przez wariant alfa).

Dzięki sekwencjonowaniu można było zaobserwować, m.in.: że warianty alertowe stosunkowo często powodują objawowy przebieg zakażeń u dzieci – a obserwacje dotyczące transmisji, przebiegu zachorowań, mogą zostać wykorzystane do przygotowania działań przeciwepidemicznych, które mogłyby być wdrożone w przypadku ewentualnego wzrostu zachorowań spowodowanych wariantami alertowymi.

Wyniki sekwencjonowania mają znaczenie epidemiologiczne – tłumaczą wielkość ognisk (ogniska są zazwyczaj duże, jeżeli dotyczą rodzin to najczęściej chorują wszyscy członkowie), co potwierdza, że zakażenie przenosi się łatwo, ale przy prawidłowym dochodzeniu epidemiologicznym, zastosowaniu izolacji i kwarantanny ogniska można skutecznie wygasić.

Działania przeciwepidemiczne

  • Organy Państwowej Inspekcji Sanitarnej każdorazowo przeprowadzają pogłębiony wywiad epidemiologiczny, celem pozyskania dodatkowych informacji oraz ustalenia jak najszerszego kręgu osób z kontaktu (identyfikacja ognisk).
  • Badanie osób przed zakończeniem kwarantanny – w uzasadnionych przypadkach zalecane są i oferowane badania w kierunku SARS-CoV-2.
  • W przypadku wystąpienia ogniska w zakładzie pracy – podejmowana jest współpraca z pracodawcą (wypracowanie procedury z firmą sprowadzającą pracowników z zagranicy: testowanie pracowników testem antygenowym po przylocie, nakładanie kwarantanny, ponowne badanie przed rozpoczęciem pracy).
  • Osoby, które nie kwalifikują się do objęcia kwarantanną są obejmowane nadzorem epidemiologicznym.

Wyniki sekwencjonowania nowych wariantów w woj. opolskim:

Od 24.02.2021r. WSSE w Opolu wysłało, do sekwencjonowania 521 próbek, otrzymano 481 wyników, dotyczących poszczególnych wariantów wirusa, w tym:

  • wariant alfa (brytyjski) – 390 próbek,
  • wariat beta (południowoafrykański) – 2 próbek,
  • wariant gamma (brazylijski) – 1 próbki,
  • inne warianty – 57 próbek,

Niepowodzenie sekwencjonowania dot. 31 próbek – z nieznanych przyczyn nie można było określić wariantów wirusa.

Laboratoria i sekwencjonowanie – budowa infrastruktury i wzmacnianie kompetencji Państwowej Inspekcji Sanitarnej w zakresie badań laboratoryjnych (budowa, rozbudowa, uruchomienie laboratoriów do sekwencjonowania i o trzecim stopniu referencyjności BSL)

  • taki system pozwala na osiągniecie rekomendowanego poziomu sekwencjonowania przez ECDC;
  • rola: sekwencjonowanie wykonywane w celach nadzoru epidemiologicznego jakim jest identyfikacja i scharakteryzowanie szczepów krążących w populacji – sekwencjonowanie nie jest wykonywane dla celów klinicznych, ani naukowych – powinno się sekwencjonować nie mniej niż 5% próbek pozytywnych, preferowany odsetek – 10%;
  • cele – ryzyko zawleczenia i rozprzestrzenienia nowych wariantów wirusa należy określić jako bardzo duże, szczególnie w sytuacji zwiększonego ruchu turystycznego w nadchodzących miesiącach; monitoring krążących na terenie kraju szczepów wirusa SARS-CoV-2 poprzez ich molekularną charakterystykę z uwzględnieniem zróżnicowania występującego w poszczególnych województwach – zapewnienie reprezentatywności w skali kraju i województw; ocena częstości występowania wariantów o większej zaraźliwości i zjadliwości, ew. przełamujących odporność poszczepienną; charakterystyka szczepów wirusa SARS-CoV-2 odpowiedzialnych za: reinfekcje, zakażenia osób szczepionych (l i/lub II dawką);
  • krajowy system monitorowania zmienności genetycznej wirusa SARS-CoV-2 – obecnie w kraju sekwencjonowanie próbek prowadzi kilka jednostek; istnieje potrzeba doskonalenia przepływu informacji oraz ustanowienia jednolitych zasad typowania próbek do sekwencjonowania;
  • organizacja: koordynacja zadań w GIS, gromadzenie próbek w WSSE (próbki pozytywne przekazywane do WSSE z laboratoriów diagnostycznych, szpitali) pod względem: reprezentatywności, kryteriów epidemiologicznych, kryteriów laboratoryjnych;
  • poprawa sprawności systemu nadzoru – szybka identyfikacja nowych wariantów SARS-CoV-2 przecięcie dróg szerzenia, identyfikacja osób zakażonych nowym wariantem, objęcie kwarantanną osób z kontaktu;
  • budowanie kompetencji inspekcji sanitarnej w zakresie badań laboratoryjnych – uruchomienie sekwencjonowania w laboratoriach Inspekcji w: Gorzowie Wielkopolskim, Katowicach, Łodzi, Olsztynie, Rzeszowie i Warszawie.

Opolski Państwowy Wojewódzki Inspektor Sanitarny
dr n. med. Anna Matejuk

Poprzedni artykułInformacja o jakości wody w kąpieliskach na terenie województwa opolskiego w sezonie kąpieliskowym 2021
Następny artykułSerbskie złoto i srebro dla Mai Janko
Wydarzenia, newsy, wywiady, fotorelacje z gminy Głubczyce. Portal współpracuje z miesięcznikiem "Głos Głubczyc" i TV Pogranicze. TwojeGlubczyce.pl to Twój portal regionalny! Jeśli masz informację o ciekawym wydarzeniu, napisz! kontakt@twojeglubczyce.pl tel.: +48 600 806 804